Nato nel 1947 a New York, Eugène Green si trasferisce nel 1969 a Parigi, dove nel 1977 fonda il Théâtre de la Sapience, un progetto volto alla riscoperta e alla rinascita dell'arte barocca dal punto di vista teatrale e musicale. Ha esordito come regista con Toutes les nuits, Prix Delluc per la miglior opera prima nel 2001. Ha poi diretto Le nom du feu, presentato a Locarno nel 2002 mentre con Le monde vivant ha partecipato nello stesso anno alla Quinzaine des réalisateurs. Nel 2004 realizza Le pont des arts. Con C...visualizza tuttoCorrespondances si è aggiudicato nel 2007, insieme a Harun Farocki e Pedro Costa, il premio speciale della giuria a Locarno, dove è tornato in concorso nel 2009 con A religiosa portuguesa e nel 2014 con La sapienza, girato tra la Svizzera e l'Italia. Nel 2011 il TFF gli ha dedicato una retrospettiva e ha poi in seguito proseguito a programmare diversi suoi film, come il doc girato nei Paesi Baschi Faire la parole (2015), Le fils de Joseph (2016), presentato in anteprima alla Berlinale, il film laboratoriale En attendant les Barbares (2017) e Le mur des morts nel 2022. Nel 2020 è tornato nei Paesi Baschi per girare Atarrabi et Mikelats, presentato a San Sebastian. Ha all’attivo anche diversi cortometraggi, quali Le nom du feu (2002), Como Fernando Pessoa salvou Portugal (2017), Lisboa revisitada (2019) e il mediometraggio Les signes (2006).